Windows XP (як в 2000 не памятаю здається теж), є вбудована програма командного рядка convert.

Використовувати просто:
1. Пуск->Виконати...
2. cmd ENTER
3. convert <drive>: /FS:NTFS ENTER , де замість <drive> підставте букву потрібного диска.

Програма виконає всі потрібні дії, при потребі запропонує перезавантажитися.